June 2010 Archives

En vacker idé: när biblioteket på Swan Island i Maine brann ner, samlade konstnären Elizabeth Awalt brända sidor som flög runt, och lät konstnärer och boende i samhället att skapa konstverk som såldes på auktion. Mer hos My Dog-Eared Pages.

Vem kommer vara först att skapa ett Google för genetisk information? arXiv blog refererar en artikel* där en kinesisk forskare från SOSO.com - det tredje största sökmotorsföretaget i Kina - visar upp en teknik som lånar metoden från hur man indexerar kinesisk text för sökning, och applicerar den på genetiska "ord".

In Chinese for example, the percentage of 1-gram words that appear only once is less than 50 per cent, the percentage of 2-gram words that appear only once is about 50 percent and the percentage of 3-gram words is less than 50 per cent. So 2-gram words are a good average.

Liang applies the same criteria to find the average length of words in the genomes of arabidopsis, aspergillus, the fruit fly and the mouse. And he finds that a good average word length is about 12 letters. So the best way to index genome data is to look for 12-grams, he says. 

None of this needs any new technology to complete. Liang says that the open source search engine Lucene is the perfect forum in which to do the work and, impressively, has even used it to build a rudimentary bioinformatics search engine himself.

Du hittar koden här: DNA search engine.

* Wang Liang, "How to build a DNA search engine like Google?", arXiv:1006.4114v3

Vi är inte ensamma. Ladda ner Tree of Life (kolla också in tatueringarna där) och skriv ut på 278 A4:or och tejpa ihop.

I den här prototypen som visar ett material som viker sig självt ser man potential för gigantiska solsegel. Forskarna vid Harvard och MIT som tagit fram det här origamiliknande materialet har ännu inte lyckats hitta ett sätt att få det att vika sig tillbaka till ursprungsläge. Mer hos Nature News.

Uppdatering: ...eller som The Awl säger: "Folding, Flying Death Robot Machine Terminators".

Synd att den viktiga frågan om "konfliktmineraler" (om Nicholas D. Kristof skriver om i New York Times) sänks av en så trist kampanjfilm (med "Will Bailey" från The West Wing i huvudrollen).

Råkar se bilder på det vinnande förslaget i en arkitekturtävling för en norsk militärbas, på gränsen till Ryssland, med några märkliga detaljer (klicka på bilden för större version, hos ArchDaily): något som ser ut som en tortyrsituation på gården, med en "Lynndie England" som tittar på med ett leende, några soldater som ser ut att bära på en kropp, en grupp som är straffkommenderade att göra armhävningar. Allt medan en norsk trubadur ackompanjerar.

I ett inlägg med titeln "The Ballet of iPod City" står det: "Schizophrenic Shenzhen has replaced Delirious New York".

En nylig artikel i Genome Biology* har gått igenom uppskattningarna av hur många mänskliga gener det finns genom åren, från 1964 års uppskattning (av Friedrich Vogel) till 6.7 miljoner gener, till vad artikelförfattarna menar är dagens, betydligt mer blygsamma, uppskattning: 22,333 stycken.

* Mihaela Pertea och Steven L Salzberg, "Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes", Genome Biology 2010, 11:206 - doi:10.1186/gb-2010-11-5-206 (tyvärr bakom betalmur).

Jag har en känsla av att USA blir kvar i Afghanistan ett tag till:

The United States has discovered nearly $1 trillion in untapped mineral deposits in Afghanistan, far beyond any previously known reserves and enough to fundamentally alter the Afghan economy and perhaps the Afghan war itself, according to senior American government officials.

(Källa: New York Times). (Om det ändå hade varit indium som man hittat, alla dessa touchscreen-skärmar i framtiden kommer att kräva ett närmast outtömligt lager).

Uppdatering: den "afghanska huvudådran" har man så klart vetat om i flera år, hitta lite länkar hos Boing Boing.

Jag levererar lite pappersvetenskap:

• Till skillnad från origami tillåter kirigami att man skär pappret. Man kan skapa de mest komplexa symmetriska strukturerna om man ger sig sjutton på det. Ett papper - "Modular Kirigami" (PDF) - beskriver lite hur man monterar skuret papper i sinnrika konstruktioner (ikosaedrisk symmetri). (via: Make).

• Erik Demaine verkar vara en smart kille - MacArthur-geni och allt - som ägnar sig åt pappersvikningsmatematik eller "Computational Origami". Med ett litet program - Maze Folder - kan man sätta en intrikat algoritm i verket för att få text att stå ut från ett pappersark, om man viker rätt dvs. Artikeln bakom: "Folding Any Orthogonal Maze".

• Poeten och klassiker-professorn Anne Carsons senaste bok, Nox, verkar intressant, om inte annat för sin form, som New York Times beskriver den:

Inside is a Xerox-quality reproduction of a notebook, made after the death of her brother, including text and photographs and letters, pasted-in inkjet printouts, handwriting, paintings and collage. "Nox" has no page numbers, and it's accordion-folded. It carries a whiff of visual art multiple or gift shop souvenir or "Griffin & Sabine."

Tyvärr inga rörliga bilder i videon ovan, så du får stirra på den där hunden och människan som hånglar medan du lyssnar på den underbara "Round and Round", från Ariel Pink's Haunted Graffitis album Before Today (Spotify-länk), ett litet mästerverk.

Lite andra grejer som fastnat: Amerikanska Food and Drug Administration vill reglera marknaden för genetiska test som riktar sig till konsumenter, berättar The Great Beyond. / Stanfords universitetsbibliotek berikar Freebase med data om sina böcker (4.4 miljoner sådana). / JesusMarkup. / New York Times om Human Genome Project: " after 10 years of effort, geneticists are almost back to square one in knowing where to look for the roots of common disease". Också Mike Mandel och Felix Salmon. / The Economist om distraktionsfri programvara, Freedom bland dom. / Osänt pilotavsnitt av The Big Bang Theory. / Digital Harlem. / JJG om kontextanpassade tangentborg på iPad. / Snarkmarket: "There's even a perverse version of the straw man, which Paul Krug­man calls an 'anti-straw man,' but I want to call 'a killer robot.'" / danah boyd om 4chan som "attention hackers". / Digitala studenter, industriella universitet. / En massa fina handskrifts-typsnitt, av svenska Ellinor Maria Rapp, hos MyFonts. / CitID vill att varje stad i världen har ett eget typsnitt, Stockholm saknas än så länge. / Den perfekta, agila chefen. / My Life As An Object. / David Byrne TED-pratar om arkitektur och musik. / Guardians Science Weekly intervjuar Sir Chris Llewellyn-Smith, "skapare" av Large Hadron Collider. / New York Times om ett webbimperium byggt på LOL-cats. / Länkförkortare har en massa problem, här är en del. / Föreläsning: en introduktion till Linked Data. / Föreläsning: Förvildad teknologi. / Om olika sätt böja ett hundöra.

Bara en kort notis om att konstnären Sigmar Polke har avlidit. Jag nämnde hans kyrkofönster i Zürich, i maj 2008.

Det är väl egentligen bara en sak som sticker ut bland dagens länkar, och det är Reggie Watts hysteriskt roliga Google-prat, ovan. 

I övrigt: British Library har införskaffat JG Ballards arkiv. / Greg Linden skriver om ett papper som beskriver ett sätt att använda sig av geotaggade Flickr-bilder för att bygga turistguider, med hjälp av "sociala brödsmulor". / Thomas Fuchs berättar om hur man gör en iPad-app med HTML5. / Joshua Schachter hittade på Delicious, han pratar med Monica Narula, på konferensen Seven on Seven (alla videos). / En samling meningslös data för den semantiska webben. / En serie kortfilmer baserade på tweets. / STIX Fonts är en ny uppsättning fonter att använda för vetenskaplig publicering, bättre än bilder som brukar användas för krångliga tecken, HubLog berättar hur man infogar dom med @font-face. / Gullig reklamfilm för ett framtida centralbibliotek i Helsingfors. / Kaliforniska studenter öppnar egen bibbla när den officiella stänger för tidigt. 

Inte särskilt högkvalitativt det här, men here we go:

Det står fortfarande hos The Guardian att Tomas Alfredson är en "Danish director", apropå att Gary Oldman castats som George Smiley i Tinker, Tailor, Soldier, Spy. | Kognitiva städer. | Jag vill kunna läsa alla tidningar som man nu kan läsa The Guardian, borde bli en standard. Phil Gyford har byggt och förklarar mer. | Hur bygger man en litterär iPad-app? | Man kan testa en beta-version av nya Yahoo Pipes. | Väldigt intressant om vetenskapliga "crowdsourcing"-projekt, Galaxy Zoo bland annat. Lite liknande från The Scholarly Kitchen | Papper om "crowdsourcing" hos Freebase: "The Anatomy of a Large-Scale Human Computation Engine" | Lovely från BBC Backstage, kreativa sätt att visualiera stora mängder information, datakonst | En stor japansk karta över metabola banor | The New Republic har en VM-blogg, Goal Post, med Franklin Foer och Alexandar Hemon bland annat. | Lite grann om en kurs i personlig genomik vid Stanford, där studenterna (frivilligt) får studera sitt eget genotypdata, bakgrund | Tak på¨nbyggda hus som lutar mer än 30 grader i Köpenhamn måsta ha "gröna" tak | arthou.se | endor.se (inbjudan krävs) | Italiensk forskning om dynamiska nätverk | Nån samlar in pengar för att berätta historien om "Argleton", fantasistaden i Google Maps | Fin karta över HTML5 | Tidningar ska tänka som startups, kanske bibliotek också? | NASA vill skicka ditt porträtt ut i rymden | Anil Dash: "If the tech industry's innovators ignore government policy, it will instead be decided entirely by those who are uninformed about policy, in cahoots with the monied forces of legacy technology and media companies." | Kvalitativ analys av New Yorker-cartoons som handlar om döden. | Infontology: "Det måste växa fram genomtänkta och fungerande realtidsförbindelser mellan samhällsforskare/humanistiska forskare och aktörer 'på fältet' i mycket större utsträckning än hittills". | New York Times om exotiska svenska pappor. | Citeringskriget: brittisk forskning citeras nästan lika mycket som amerikansk. | Adaptive Path: "that is the magic of iPad apps right now. It is not in their perfection or consistency or even their usability. Yeah, iPad apps sorta suck, but that is also their charm. They are a reflection of the American dream, where even an app of humble, quirky beginnings can someday be great." | urli.st skapar länklistor | Bruno Latours föreläsning på Nobelmuseet nyligen |        

Jobbrelaterat: "Metrics of use: How to align researcher incentives with outcomes" | "Impact Factors -- A Self-fulfilling Prophecy?" | "The return on peer review" | En intervju med en analytiker om Elseviers (mörka) framtid | Elsevier har köpt Collexis | RIAN samlar all öppet publicerad forskning på Irland | Presentationer från The Changing Role Of Libraries in Support of Research Data Activities: A Public Symposium | "Green is no goal" | ProfHacker berättar om hur man kan använda sociala medier i undervisningen | "eBook Indexes & User Interface Features" | "A Proposed Standard for the Scholarly Citation of Quantitative Data" (2007; används i The Dataverse Network Project) |   

"Personal genomics"-företaget 23andMe (med Google-kopplingar) schabblade till det ordentligt när man blandade ihop DNA-prover från 96 kunder, och gjorde folk oroliga. Bloggen Genetic Future skriver om det. / En modell jag tydligen sa något: "Visualizing the Lifecycle of Digital News Content". / Tony Hirst (igen) funderar på vad öppet data innebär för den akademiska sektorn, liksom Brian Kelly. Jag är övertygad om att det finns massor att göra på det här området i Sverige. / Dot-font: talking about design, en fri bok av John D. Berry (via: BB). / PSFK om Facebook som gåvoekonomi. / "APIs That Make Things Happen, WebHooks and the Evented Web" - videopresentation. ClickHooks relaterat / Urlesque samlar några fina bilder som samlas under Sad Keanu-memet, också Popponny om hur snäll Keanu Reeves är. / Malin Sandström refererar en artikelserie hos Second Opinion om tillståndet för vetenskapsjournalistiken, intressant om "presspaket" från stora tidskrifter till media. / Michael Surtees skriver om hur han fastnar för och sprider vidare saker på nätet. En sån ska jag också skriva. / SEO by the Sea går igenom det senaste om hur träfflistor i sökmotorer rankas. / Tomás Saracenos spindelväv gjord av tråd på Bonniers konsthall toppas rätt rejält av de här näten gjorda av tejp, som man kan klättra in och utforska. I Berlin. / Lite om Nobel-pristagaren Elinor Ostroms senaste forskning om att skapa spelteorier under mer realistiska förhållanden.    

En underbar fråga från publiken, 1:26:30 in i samtalet med Steve Jobs:

I bough the movie up on Bluray DVD from Disney. It came with a digital download, that was great so I could put it on my portable devices, so I bought my iPad and I put it on there and I bought the VGA adapter and I plugged it in my projector and because I bought everything I couldn't play it because high definition copy protection stopped me. Had I ripped it, reversed copy protection, downloaded it from BitTorrent, I would have been able to play it. Can you talk at all about how HDCP is helping the anti-piracy effort?

Kalla det "omvärldsbevakning", kalla det "strategic curation" eller kalla det meningslös URL-hamstring, men de senaste åren har jag använt Delicious för att samla länkar. Jag börjar närma mig 20 000 stycken sådana (19 622 medan jag skriver, du ser 18 850, vilket betyder att jag sparat 772 som "privata"). För att hylla min envishet tänkte jag posta mitt dagliga länkande här fram till länk 20 000. 

(Nuförtiden dyker det upp saker jag själv twittrar och RT:ar, liksom favoritiserar).

Här är dagens dos (allt är långt ifrån av allmänt intresse, ibland vet jag inte själv riktigt varför det fastnade i spjälet):

• Nobelprize.org annonserade datumen för Nobelprisen idag, 4 oktober delas priset i fysiologi och medicin ut. 
• På onsdag äger ett spännande symposium rum på jobbet (Karolinska Institutet) på temat "Den upplysta hjärnan". På eftermiddagen är det öppet för allmänheten och då talar bl.a. Giacomo Rizzolatti (upptäckaren av spegelneuronen), Antonio Damasio och Peter Gärdenfors.
• Christina Pikas skriver lite om hur forskare citerar annan forskning, rätt och fel, apropå en artikel i ämnet.
• BBC berättar om de höga digitaliseringsambitionerna vid nationalbiblioteket i Wales, under rubriken "A librarian takes on Google Books".
• SEO by the Sea skriver om ett Google-patent som föreslår ett sätt för sökmotorn att föreslå att innehåll behöver skapas för sökresultat det finns lite webbinnehåll idag.
  
• Ett inlägg om hur man kan använda bloggar på universitetskurser.
  
• FlowingData berättar att det finns en ny version av JavaScript-biblioteket Protovis, som man kan använda för informationsvisualisering i webbläsaren.
• När Sakinternet kickar igång kommer det finnas trilljoner sensorer som pumpar ut data på webben, det måsta kunna processas och analyser, skriver ReadWriteWeb.
• Mike Kuniavsky postar innehållet i sin kommande bok Smart Things: Ubiquitous Computing User Experience Design, nu kapitel 6 om "Information shadows".
• Supernova är en kommande iPad-app, av Glenn Marshall, med Hubble-teleskop-tema: "an animated real time visualizer of exploding stars and nebulae". Kolla in videosarna.
• En presentation om fördelarna och möjligheterna med öppet data, av utvecklaren bakom openlylocal.com.
• Inget att titta på än, men ett meddelande om att arkivet på Bletchley Park ska digitaliseras.
• Random Hacks of Kindness är ett Google-, Microsoft- och Yahoo-sponsrat initiativ för att göra humanitära datorsaker.
• Daniel Forsman kommer med vettiga synpunkter angående biblioteksutveckling och tekniska infrastruktursfrågor, och i synnerhet KB:s roll: "Jag tror att KB kan spela en viktig roll, men KB måste vara tydligare med vad man vill, hur lång tid det kommer att ta och vilken insats biblioteken själva skall bidra med." Själv skulle jag vilja se mer samarbeten (universitets-)biblioteken emellan.
  
• Creative Summit är en konferens i Skellefteå 16-18/6 (om "digital media"), noterar Alf Rehn och Dan Saffer på programmet. En dag öppen för alla (1000:-), 2 dagar bara för VIPs.
• The Guardian om hur James Murdoch vill hindra British Librarys digitalisering av historiska dagstidningar. Inget överraskande.
• En kul mening bara, från The Awl: "My default setting is a cynicism so calcified that if you tried to cut it with a diamond-edged saw the saw would stick and you need to send down a pair of giant shears to retrieve it."
• Ett Internet för Gamla Saker - en artikel från nåt skotskt Sakinternet-projekt.
• En bibliotekarie i Singapore skriver om trenden med "personaliserade" webbtjänster på bibliotek, nämner "vår" webbplats: "possibly the most interesting example".
• Fånig NYT-artikel om multitasking (inkl. fullständigt meningslös "Interactive Feature").
• Must Read Soccer hävdar att de samlar de bästa som skrivs om fotboll på nätet. Följer.
• Med Grafitter kan man förse sina tweets, Delicious-bokmärken, IM-meddelanden, m.m., med metadata för personlig informatik, enligt en särskild syntax, t.ex. #mood() eller #book(). Får nog prova lite. Snart kommer Twitter Annotations.
• Google har installerat fyra bikupor på högkvarteret (bilder), försörjer nu sig själva med honung.
  
• Ett bra ställe att börja på - Smashing Magazine, "Coding a HTML 5 Layout from Scratch".
• Recension av boken DIY U: Edupunks, Edupreneurs, and the Coming Transformation of Higher Education. 
• Datacite måste man hålla koll på.  (En presentation om det).
  
• "Written Images; a project in contemporary generative print design and art".
• Jean-Luc Godards senaste film heter Film socialisme. HTMLGIANT har trailer och länk för att ladda ner hela filmen.
• Sasha Frere-Jones i New Yorker om nya musiktjänster på nätet. 
• Fiabee är en sån där backup-tjänst i molnet, som jag råkade springa in i (via Techcrunch tror jag), som Dropbox.
• UX Magazine om en massa sätt att visualisera data och information. 
• Martin Berg om Sakinternet.
• Tony Hirst från Open University om nåt öppna webben-projekt för utbildning.
• Vetenskaps- film- och konstfestivalen Bio:Fiction annonserar tävling för filmare om hur syntetisk biologi formar vår fantasi och våra liv. Bra tema.
• Far out från The Future of Self-Knowledge: "Survival Horizon: Introducing 6 super-empowered persuasive practices".
  
• Har faktiskt ingen aning om varför detta fastnade: "Data Feed SEO & Advanced Information Architecture".
• JP Rangaswami: "Production, consumption and distribution of information have already been democratised. There's no turning back. Curation will go that way. Which means that the very concept of the expert, the professional, the editor, the moderator of all that is great and good, changes."
• Lite om Linked Data för bibliotek. 
• Res Obscura - "Assorted curiosities from obscure places".
• En Henry Jenkins-föreläsning.
• The Awl är inte helt förtjusta i Splice: "It's hard to pinpoint exactly when a movie this bad first hits the point of no return. Is it the moment when Polley presents the monster with her very own Surfin' Safari Barbie? Or the scene where the scientific wunder-couple get it on in a lab basement, while the creature watches?"
• David Gates och Jonathan Lethem mailas. (via: The Rumpus)
• Jason Kottke postar fascinerande video om personliga tidsperspektiv.
• Läkare lär sig av depå-stopp i F1 för att föra över patienter från operation till intensivvård säkrare.
• eSciDoc - "an e-Research environment developed specifically for use by scientific and scholarly communities to collaborate globally and interdisciplinary."
• Presentation av Joshua Porter om "Metrics-Driven Design".
• Karen Coyle om FRBR och delbarhet.
• Inkling Magazine intervjuar en papperskonservator.
• Jonah Lehrer recenserar Nicholas Carrs The Shadows.
• Extremt jobbrelaterat, men Karger erbjuder Open Access-publicering, mot en avgift på ca 20 000:-/artikel.
• Det visar sig att ett gott minne inte nödvändigtvis är evolutionärt fördelaktigt.
• Vetenskap & Samhälle presenterar en rapport om svenskarnas inställning till vetenskap och forskning.
• GeneGo. "Your GPS in pathway analysis".
• En maskin som algoritmiskt genererade ordsekvenser, via lysrör.
• En dansk rapport om "Eksplorativ søgning". 
• Common Knowledge om vikten av öppet data.
  

Förmodligen kommer månens första riktiga stad att vara en riktigt trist gruvstad, inte direkt nån happening town med ett schysst uteliv och grönområden där man kan ha en picknick efter jobbet. Förmodligen jävligt traditionellt homosocialt också - sunkhak helt enkelt, med bara män. Man lär få vänta på den första universitetsstaden.

Några grejer behöver dock fixas först: nåt slags atmosfäriskt skydd; gravitations-gym, så att man håller muskelmassan uppe under livet i noll gravitation; mat behöver produceras (ingen står ut med frystorkat under längre perioder), energi behöver alstras (grönt) och vatten renas; sen behöver ju en allmän månkultur etableras, men kommer den kreativa klassen att trivas?

En tävling har utlysts för att spåna fram hur månens huvudstad kommer att se ut, berättar Pruned. Jag ser fram emot resultatet.

Uppdatering: via Boing Boing hittar jag till det japanska företaget Shimzu, som har en massa kreativa lösningar för hur vi ska kunna kolonisera stenen.